Desa menurut UU No. 6/ 2014 didefinsikan sebagai daerah otonom (local self-government). Akan tetapi, Desa tidak mempunyai urusan pemerintahan yang didesentralisasikan dari pemerintah pusat kepada Desa, tidak mempunyai “kepala daerah” dan tidak mempunyai birokrat lokal untuk melaksanakan urusan pemerintahan yang didesentralisasikan, serta tidak mempunyai kewenangan menarik pajak dan retribusi lokal. Berdasarkan fakta ini, hubungan pemerintahan antara pemerintah desa dengan pemerintahan atasan bukan berdasarkan asas otonomi dan tugas pembantuan sebagaimana ditentukan dalam Pasal 18 UUD 1945. Status BPD berbeda dengan status DPRD. Karena BPD tidak secara langsung memiliki fungsi pengawasan, legislasi dan anggaran sebagaimana dimiliki oleh DPRD. Demikian juga status perangkat desa. Perangkat desa bukan birokrat profesional pada tingkat desa dalam pengertian local government sedangkan birokrat Kabupaten adalah birokrat profesional lokal. Perangkat desa bukan birokrat lokal karena mereka bukan Aparatur Sipil Negara sebagaimana diatur dalam UU No. 5/ 2014.

Hubungan pemerintahan desa dengan kecamatan adalah hubungan koordinasi. Sesuai dengan UU No. 6/ 2014 Pemerintah Kabupaten harus melakukan identifikasi dan inventarisasi kewenangan berdasarkan hak asal usul. Dalam hal identifikasi dan inventarisasi kewenangan lokal skala desa Kecamataan melakukan koordinasi dengan semua Desa untuk mendapatkan materi kewenangan lokal skala desa secara empirik. Hasil identifikasi dan inventarisasi tersebut menjadi masukan kepada Pemerintah Kabupaten sebagai dasar pembuatan Peraturan Bupati tentang kewenangan berdasarkan asal-usul dan kewenangan lokal skala desa. Peraturan Bupati kemudian ditindaklanjuti dengan Peraturan Pemerintah Desa sebagai penjabaran yang lebih operasional atas Peraturan Bupati. Dalam hal kewenangan Desa berdasarkan penugasan dari pemerintah atasan maka hubungan Desa dengan Kecamatan adalah koordinasi, instruksi, dan pengawasan. Hal tersebut tidak berlaku dalam konteks kewenangan asli desa. Hubungan pemerintah desa dengan pemerintah provinsi sesuai dengan UU No. 6/ 2014 adalah hubungan subordinat di bawah kabupaten. Provinsi dapat memberi tugas langsung kepada Desa atau melalui kabupaten. Undang-Undang Nomor 23 Tahun 2014 tentang Pemerintah Daerah, juga menjelaskan tugas kepala Desa dalam membantu Camat baik dalam hal pemerintahan dan pelayanan, serta melakukan pemberdayaan masyarakat.

Hubungan kerja antara pemerintah desa dengan pemerintah pusat yaitu Kemendagri dan Kemendes dilakukan melalui perantaraan Pemkab melalui BPMPD sebagai pembina kelembagaan desa. Hubungan pemerintah desa dengan Kemendagri dan Kemendes adalah berupa pelaksanaan tugas yang meliputi penyelenggaraan pemerintahan desa, pelaksanaan pembangunan desa, pembinaan kemasyarakatan desa, dan pemberdayaan masyarakat desa. Bentuk hubungan penugasan tersebut mekanismenya dilakukan melalui BPMPD dan SKPD terkait disertai pembiayaannya. Bentuk konkritnya Desa menyusun Rencana Pembangunan Jangka Menengah Desa (RPJMPDes), Rencana Kerja Pembangunan (RKPDes), dan Rencana Anggaran dan Belanja Desa (RAPBDesa) yang dananya besumber dari ADD Kabupaten. Penyusunan dokumen tersebut lebih banyak disusun oleh BPMPD dengan fasilitasi aparatur kecamatan.